Im Gegensatz zu vielen anderen Karstgebieten der Erde ist die Karstlandschaft des Südharz zu großen Teilen von Vegetation bedeckt und daher auch als Grüner Karst bezeichnet. Die Wälder der Region werden von Rotbuchen dominiert. Auch der Thüringer Urwaldpfad Rüdigsdorfer Schweiz führt Sie in einen geschützten, durch Gipskarst geprägten, Buchenmischwald.

In der Gipskarstlandschaft der Rüdigsdorfer Schweiz lassen sich eine Vielzahl verschiedener Biotoptypen auf kleinstem Raum finden. So stellen etwa Trocken- und Halbtrockenrasen, Streuobstwiesen, krautreiche Laubmischwälder und wärmelieben-de Trockenwälder, aber auch ehemalige Steinbrüche wichtige Lebensräume für Flora und Fauna dar.

Bedingt durch die geologischen Besonderheiten des Gipskarstes weist die Region eine artenreiche Pflanzenwelt auf. Kalkbuchenhochwälder, Trockenrasen und Steppenheide, sowie zahlreiche seltene Pflanzen wie die Türkenbundlilie und prachtvolle Orchideenarten, wie das Breitblättrige Knabenkraut oder die Bienenragwurz, zeichnen stellvertretend die wertvolle Vegetation aus.